El Once Caldas nació en 1959 a partir de la fusión del Deportes Caldas y del Deportivo Manizales.
Se tomó como base para la inscripción ante la Dimayor la ficha del Deportes Caldas, campeón del torneo colombiano en 1950 con la dirección técnica de Alfredo Cuezzo), de ahí que el equipo incluya ese título dentro de sus logros. En 1961 es su estreno oficial en el torneo de la Dimayor.
Desde su comienzo se caracterizó por ser un equipo de buen trato a la pelota y fútbol de fantasía que enamora a la afición.
Por razones económicas y publicitarias, el equipo cambió su nombre en varias ocasiones: Cristal Caldas (1972-patrocinio de Aguardiente Cristal), Varta Caldas (1979-patrocinio de Pilas Varta), Once Philips (1991-patrocinio de la multinacional Philips).
Después vinieron más patrocinadores pero sin cambiar el nombre del equipo (Aguardiente Cristal, Ron Viejo de Caldas, Poker, Postobón, Leona, Águila, LG, Suzuki).